دومین فیلم از سری محبوب تاندربولت که طرفداران زیادی دارد. زمین، هشت ماه پس از پایان جنگ یک ساله. کاپیتان مونیكا یک مأموریت مخفی به نام "عملیات تاندربولت" را آغاز می‌کند و ایو را برای هدایت گاندام آتلاس انتخاب می‌کند. او کشتی فرود هجومی اسپارتان را به بخشی از اقیانوس که به طور مؤثر تحت کنترل اتحاد دریاهای جنوبی است، هدایت می‌کند. هدف آنها تأمین یا نابود کردن داده‌های سایکو زاکو است که اکنون در اختیار اتحاد است. دارل، که در نبردش با ایو برتری یافته، به عنوان بخشی از نیروهای باقی‌مانده پرنس‌پالیتی زئون به زمین فرود آمده است. او همچنین مأموریت به دست آوردن اطلاعات در مورد سایکو زاکو را دارد. ایو در کنار هم‌رزمان جدیدش با فرمانده پیر، فرمانده گارد مرزی اتحاد دریاهای جنوبی، روبرو می‌شود. در دریا، در میدان یخ و در میان جنگل انبوه، موبایل سوئیت‌های زئون، فدراسیون و اتحاد دریاهای جنوبی با یکدیگر می‌جنگند. "جنگ هنوز تمام نشده است."