سال ۳۳۹۴ است. سیستم خورشیدی مدت‌هاست که توسط نژاد بیگانه‌ای عجیب به نام گونا نابود شده است. اکنون انسان‌ها به سختی جمعیت را در کشتی‌های بذر خود حفظ می‌کنند - همان‌هایی که برای فرار از یک هزار سال پیش استفاده کردند. پس از چندین سال سرگردانی در فضا، سیدونیا، یک کشتی بذر با جمعیتی بیش از ۵۰۰,۰۰۰ نفر، بار دیگر توسط گونا تهدید می‌شود. با تانیکازه ناگاته، یک جوان مرموز از اعماق کشتی، و دوستانش همراه شوید تا تلاش کنند به این موجودات غول‌پیکر حمله کنند و در عین حال آنچه را که واقعاً هستند برای بقای بشریت بیاموزند.