داستان فیلم برگرفته از روایات رسمی دولت ایران از وقایع درونی سازمان مجاهدین خلق ایران پیش از انقلاب ۱۳۵۷ ایران است. این فیلم بازگو کننده اختلافات میان دو دسته در سازمان مجاهدین خلق و درگیری میان چهره‌های کلیدی آن مانند تقی شهرام، مرتضی صمدیه لباف و مجید شریف واقفی در متن یک داستان عاشقانه نافرجام است. داستان سیانور در دهه ۱۳۵۰ می‌گذرد و محور اصلی آن زندگی عاشقانه یک زوج است که در آن دوره زمانی به تصویر کشیده می‌شود.