در کیوتوی باستانی جنگی در حال وقوع است. جنگی که در سایه‌ها بین نیروهای مجری مسلح شوگونات، شینسن‌گومی، و جنگجویان رونین شبیه به خون‌آشام به نام راسستو یا فوری‌ها در جریان است. و در میانه این جنگ، زن جوانی که به شکل مرد درآمده است، گرفتار شده است. چی‌زورو یوکی‌مورا برای یافتن پدر گمشده‌اش به کیوتو می‌آید و متوجه می‌شود که سرنوشتش برای همیشه با سرنوشت معاون فرمانده شینسن‌گومی، توشی‌زو هیجیکاتا و نیروی نخبگان شمشیرزنانش گره خورده است. زیرا پدر چی‌زورو یک اکسیر مخفی ساخته که قدرت، سرعت و بهبودی کاربر را افزایش می‌دهد و فوری‌ها هر کاری خواهند کرد و هر کسی را خواهند کشت تا آن قدرت را کنترل کنند!