در سال ۲۱۹۹، پنج سال پس از آغاز حمله گامیلوها به زمین، سیاره به شدت توسط بمب‌های بیگانه ویران شده است. بازماندگان بشریت به زیر زمین فرار کرده‌اند تا از سطح پرتوزا فرار کنند. یک روز، خلبان سابق سوسومو کودای یک کپسول ارسال شده از سیاره ایزکاندر را کشف می‌کند که از دستگاهی خبر می‌دهد که می‌تواند تابش را از سطح زمین حذف کند. نیروی دفاع از زمین ناو یاماتو را با نوع جدیدی از سیستم پیشرانه بازسازی می‌کند تا سفر ۱۴۸,۰۰۰ سال نوری به ایزکاندر را انجام دهد به امید نجات زمین. در عرض یک سال، تابش باقی‌مانده بشریت را به انقراض خواهد کشاند.