پس از اینکه زمین توسط موجودات بیگانه مرموزی به نام گونا نابود شد، بازماندگان نژاد بشر به فضا در کشتی نسل عظیم سیدونیا فرار کردند. پس از هزاران سال سرگردانی در فضا، سیدونیا برای اولین بار در یک قرن دوباره تحت حمله گونا قرار گرفت. بار دیگر با تهدید انقراض مواجه شده، پیروزی موقتی علیه گونا به لطف ترکیب انسانی-گونا، تسوموگی شیراوی و خلبان مکانیکی قهرمان ناگاته تانی کازه به دست آمد. 10 سال بعد... مردم سیدونیا از یک آرامش کوتاه لذت می‌برند. روزهای صلح‌آمیز می‌گذرد، که در آن تسوموگی شروع به درک احساساتش نسبت به ناگاته می‌کند، که اکنون به عنوان قهرمان سیدونیا شناخته می‌شود. اما همانطور که کاپیتان کوبایاشی همیشه می‌دانسته، تا زمانی که گونا وجود داشته باشند، صلح نمی‌تواند پایدار بماند. تصمیم گرفته می‌شود: یک نبرد نهایی، که سرنوشت آخرین بازماندگان بشر بر آن بستگی دارد. با نزدیک شدن به پایان، آیا خدمه قادر خواهند بود کسانی را که دوست دارند، محافظت کنند؟