مونیخ، آلمان، 1923. دو سال از زمانی که ادوارد الریک از دنیای خود به دنیای ما کشیده شد، می‌گذرد و او کشور، دوستان و برادر کوچکش، آلفونس را پشت سر گذاشته است. او که از قدرت‌های کیمیاگری خود محروم شده، تمام این مدت در حال تحقیق درباره راکت‌سازی به همراه آلفونس هایدرش، جوانی که به برادر خود شباهت دارد، بوده و امیدوار است روزی راهی برای بازگشت به خانه پیدا کند. تلاش‌های او تا کنون بی‌ثمر بوده، اما پس از کمک به یک دختر کولی در مشکل، ادوارد در یک سری از رویدادها گرفتار می‌شود که می‌تواند هر دو دنیا را به هم بریزد. در همین حال، در دنیای خود، آلفونس الریک به عمق معماهای کیمیاگری می‌رود تا راهی برای reunite با برادر بزرگترش پیدا کند.